Als sich in der zweiten Kriegshälfte die Bombenangriffe auf deutsche Großstädte häuften, wurde die Evakuierung wichtiger politischer und wissenschaftlicher Einrichtungen nach Mittel- und Süddeutschland beschlossen. Darunter fiel auch das Atomforschungsprogramm. Für eine etwa 10köpfige Wissenschaftlergruppe um den aus Obernessa bei Naumburg stammenden Dr. Kurt Diebner wurden ab 1944 die bombensicheren Kellergewölbe einer alten Mälzerei unter der Mittelschule Stadtilm´s zum neuen Labor. Dort experimentierte Kurt Diebner an einem Modellreaktor mit Uranwürfeln und schwerem Wasser. Seine durch die Würfelanordnung gegenüber der Uran-Platten-Struktur erreichten Ergebnisse beeindruckten sogar Werner Heisenberg. Trotzdem gelang es bis Kriegsende keinem deutschen Wissenschaftler, einen funktionstüchtigen Reaktor zu bauen.

Seine letzte große Materiallieferung erhielt Kurt Diebner im Januar 1945, nach der Auflösung des Bunkerlaboratoriums im Kaiser-Wilhelm-Institut Berlin Dahlem, die ihm allerdings nichts mehr nützte. Dr. Kurt Diebner zog sich am 10.4. (Nach anderer Quelle 2 Tage früher) neben anderen Wissenschaftlern unter Mitnahme wertvollen Materials in Richtung Bayern zurück. Auch der Koordinator für den Bau der Atomreaktoren, Prof. Walter Gerlach, der sein Büro ebenfalls in Stadtilm hatte, setzte sich ab.

Das „Alsos“ Kommando nahm ihn Ende April in Schöngeising bei München fest. Zusammen mit Otto Hahn, Max von Laue, Carl Friedrich von Weizäcker, Werner Heisenberg, Karl Wirtz, Walther Gerlach, Erich Bagge, Horst Korsching und Paul Hartek wurde Kurt Diebner in Farm Hall (Südengland) interniert. Das „Alsos“ Kommando unter Prof. Goudsmith und Oberst Boris Pash sah in Stadtilm zum ersten Mal ein deutsches Atomlabor. Beide haben ihre Besuchseindrücke in Büchern geschildert.

Der Mittelschulkeller wurde in der Folgezeit als Lager- und Heizraum verwendet. Das Gebäude nutzte die Stadt bis zur Wende als Schule bzw. Schulhort. 2002 wurde das Gebäude über dem Keller abgerissen.